식도암 환자 치료 전후의 세포군집 변화 및 전사체 특성 분석

국립암센터가 식도암 환자의 치료 전후 세포군집과 전사체 변화를 단일세포 수준에서 분석한다. 7개 검체의 single-cell RNA-seq 데이터 생산·기본 분석 용역이며 예산은 부가세 포함 4,800만 원, 계약기간은 2주다. 단일세포 분리·QC, 항체 기반 FACS sorting, 10x Genomics GEM-X 라이브러리 제작, NovaSeq X 시퀀싱을 수행한다. 세포당 최소 2만 reads, Q30 80% 이상을 요구하며 FASTQ·BAM 원자료와 QC 보고서를 제출한다. 검체를 받은 당일 전처리에 착수해야 한다.

치료 전후 식도암 종양과 미세환경의 세포 조성·전사체 변화를 정밀 분석해 치료 반응 연구에 쓸 기초 데이터를 생산한다.

계약일부터 2주 이내다. 검체를 수령한 날 단일세포 RNA-seq 전처리를 시작해야 한다.

10x Genomics Chromium GEM-X Single Cell 3′ Reagent Kit v4로 검체마다 약 20,000개 세포를 목표로 캡처한다. Illumina NovaSeq X로 시퀀싱하고 Cell Ranger로 1차 처리한다. Q30 80% 이상, 세포당 20,000 reads 이상을 요구한다.

국립암센터가 제공하는 식도암 조직 검체 7건을 운반하고 단일세포로 해리한다. 발주처 제공 항체로 FACS sorting한 뒤 세포 QC, 라이브러리 제작, 시퀀싱과 기본 분석을 수행한다. 세포 생존율 권고 기준은 70% 이상이며 기준 미달이면 전처리 방법을 협의한다.

Single-cell RNA-seq와 10x Genomics GEM-X 분석 실적을 갖춘 수행기관을 요구한다. 식도암 조직 전처리와 시료별 dissociation 조건은 발주기관과 협의해 정한다.

Sample QC·library QC·데이터 QC 보고서, Cell Ranger web summary, count matrix, 기본 분석 결과, 모든 FASTQ·BAM 원자료와 최종 결과보고서를 제출한다. 세포 또는 핵의 수량·생존율 QC 보고도 포함한다.

중소기업 또는 소상공인 확인서를 보유해야 한다. 최근 5년, 창업기업·소기업·소상공인은 최근 7년 실적을 심사한다. 동등 이상 실적은 10x Genomics Chromium GEM-X를 사용한 single-cell 분석에 한정하고, 유사 실적도 single-cell 분석 용역만 인정한다.

제한경쟁 적격심사 총액입찰이다. 예정가격 이하이며 낙찰하한율 86.245% 이상인 업체를 낮은 가격 순으로 심사해 종합평점 기준을 충족한 업체를 선정한다.

입찰서는 나라장터로 제출한다. 제출 마감은 2026년 9월 30일 10:00다. 계약일부터 2주 안에 용역을 마친다.

검체는 국립암센터가 제공하고 수행기관이 운반한다. 수령 당일 전처리 착수가 필요해 운송과 실험실 일정을 맞춰야 한다. 유전자 변이 확인용 targeted amplification·custom library 추가, 재실험 여부와 심화 분석은 발주기관과 협의한다.